Handbook of Genomic Data Analysis

目 录
第1章 大规模基因组测序策略与技术&胡松年
1.1大规模基因组测序的常用技术
1.2大规模测序的策略
1.3逐步克隆法测序策略
1.4全基因组霰弹法测序策略
1.5大规模基因组测序的现状与发展趋势
第2章生物信息数据库&叶琳
2.1文献检索
2.2核酸序列数据库检索
2.3基因组序列数据库检索
2.4氨基酸序列数据库
2.5蛋白质结构数据库PDB
2.6疾病相关基因数据库
第3章序列联配（BLAST、SIM4）&叶杰华董坚海
3.1 Blast
3.2 Sim4
第4章 多序列联配（Clustal W）&张兵
4.1 Clustal简介
4.2 目 的
4.3原理
4.4步骤
4.5结果及分析
第5章测序分析软件（Phred/Phrap/Consed）&王建斌 贾 佳
5.1 Phred碱基读取程序
5.2 Phrap序列组装程序
5.3 Consed图形化视图
第6章EST序列分析系统&许华勇 蔡琳
6.1 EST通道化分析系统（EST Analysis Pipeline SystemTM）
6.2用户登录
6.3主界面和界面说明
6.4模块功能列表
第7章蛋白质序列的功能注释、分类和代谢途径分析&谭 军
7.1蛋白质序列的功能注释
7.2蛋白质序列的功能分类
7.3蛋白质序列的代谢途径分析
7.4蛋白质序列综合注释示例
第8章ORF的搜寻及蛋白质结构预测&张忠华
8.1 ORF的搜寻
8.2蛋白质二级结构预测
8.3用Swiss-model进行蛋白质三维结构预测
8.4用PROSPECT进行蛋白质三维结构预测
第9章 华大基因研发中心网络资源&叶 琳
9.1 BTN简介
9.2 PASDB简介
9.3 RICE GD简介
9.4 UNIBLAST简介
9.5 HGP简介
9.6 TTEN简介
第10章 Bioperl简介&谭 军叶琳张忠华贾佳刘庆坡薛庆中
10.1 引 言
10.2 Bioperl 对象的简单介绍
10.3 Bioperl的使用
10.4 Bioperl辅助库（Bioperl-run,Bioperl-db等）
10.5 附 录
目 录
第1章 大规模基因组测序策略与技术&胡松年
1.1大规模基因组测序的常用技术
1.2大规模测序的策略
1.3逐步克隆法测序策略
1.4全基因组霰弹法测序策略
1.5大规模基因组测序的现状与发展趋势
第2章生物信息数据库&叶琳
2.1文献检索
2.2核酸序列数据库检索
2.3基因组序列数据库检索
2.4氨基酸序列数据库
2.5蛋白质结构数据库PDB
2.6疾病相关基因数据库
第3章序列联配（BLAST、SIM4）&叶杰华董坚海
3.1 Blast
3.2 Sim4
第4章 多序列联配（Clustal W）&张兵
4.1 Clustal简介
4.2 目 的
4.3原理
4.4步骤
4.5结果及分析
第5章测序分析软件（Phred/Phrap/Consed）&王建斌 贾 佳
5.1 Phred碱基读取程序
5.2 Phrap序列组装程序
5.3 Consed图形化视图
第6章EST序列分析系统&许华勇 蔡琳
6.1 EST通道化分析系统（EST Analysis Pipeline SystemTM）
6.2用户登录
6.3主界面和界面说明
6.4模块功能列表
第7章蛋白质序列的功能注释、分类和代谢途径分析&谭 军
7.1蛋白质序列的功能注释
7.2蛋白质序列的功能分类
7.3蛋白质序列的代谢途径分析
7.4蛋白质序列综合注释示例
第8章ORF的搜寻及蛋白质结构预测&张忠华
8.1 ORF的搜寻
8.2蛋白质二级结构预测
8.3用Swiss-model进行蛋白质三维结构预测
8.4用PROSPECT进行蛋白质三维结构预测
第9章 华大基因研发中心网络资源&叶 琳
9.1 BTN简介
9.2 PASDB简介
9.3 RICE GD简介
9.4 UNIBLAST简介
9.5 HGP简介
9.6 TTEN简介
第10章 Bioperl简介&谭 军叶琳张忠华贾佳刘庆坡薛庆中
10.1 引 言
10.2 Bioperl 对象的简单介绍
10.3 Bioperl的使用
10.4 Bioperl辅助库（Bioperl-run,Bioperl-db等）
10.5 附 录