Uncultivated microorganisms

　　未培养微生物多样性的统计性估测
　　 1 引言
　　 2 丰度数据
　　 2.1 参数丰度模型
　　 2.2 非参数丰度模型
　　 2.3 基于覆盖度的估计
　　 2.4 讨论
　　 3 发生率数据
　　 3.1 参数发生率模型
　　 3.2 发生率非参数模型
　　 3.3 基于覆盖度的发生率非参数模型
　　 3.4 含有协变量的模型
　　 4 评论
　　 附录：软件
　　 参考文献
　　大规模平行测序表征微生物种群结构
　　 1 微生物多样性和可栖息性
　　 2 对微生物分类学和生态学的分子影响
　　 3 大量平行DNA焦磷酸测序和微生物多样性
　　 4 rRNA高可变区焦磷酸序列的生物信息学解释
　　 5 微生物多样性和“稀有生物圈”的拓展性展望
　　 6 大规模平行DNA测序和微生物种群结构的未来调查
　　 参考文献
　　用微阵列技术检测和鉴定未培养微生物
　　 1 引言
　　 2 微芯片的类型
　　 2.1 系统发育寡核苷酸芯片(POAs)
　　 2.3 群落基因组芯片
　　 2.4 宏基因组芯片
　　 2.5 全基因组开放阅读框芯片
　　 2.6 同位素芯片
　　 2.7 其他类型的芯片
　　 3 微芯片的应用
　　 3.1 微生物检测
　　 3.2 微生物种群动力学和活性
　　 3.3 微生物鉴定
　　 4 芯片分析所面临的挑战及其局限性
　　 4.1 依赖于已培养生物和／或已知序列的分析
　　 4.2 芯片分析的灵敏度
　　 4.3 特异性
　　 4.4 芯片的定量性
　　 4.5 数据分析和标准化
　　 5 结束语
　　 参考文献
　　天然实验室：来自未培养甲烷营养菌的经验
　　 1 引言
　　 2 厌氧嗜甲烷菌的发现
　　 3 海底厌氧嗜甲烷菌的鉴定及定量
　　 4 从原位观测到体外富集
　　 4.1 寻找AOM热点
　　 4.2 能量限制：甲烷及硫酸盐的供应及终产物的移除
　　
　　 4.3 最适温度与pH
　　 4.4 避氧
　　 4.5 其他生长需求
　　 4.6 ANME与伴生菌富集的抑制或解偶联
　　 5 展望：其他分离技术
　　 参考文献
　　不可培养微生物的单细胞全基因组扩增
　　 1 引言
　　 2 细胞分离方法
　　 2.1 微液滴捕获法
　　 2.2 技术
　　 2.3 荧光激活细胞分类技术(FACS)
　　 2.4 微流控术
　　 3 单个细胞的DNA分离和扩增
　　 4 测序和基因组装配
　　 5 从基因组学到生物学
　　 参考文献
　　生长缓慢异养微生物的生理生态适应性及培养的结果
　　 1 引言
　　 2 资源和营养限制的生长
　　 2.1 生物量水平的营养限制
　　 2.2 生长速率的营养限制
　　 3 对营养限制的生理适应
　　 4 效率 Vs.快速生长
　　 5 生长缓慢作为增加可培养能力的一项策略
　　 6 为什么有大平板计数异常(GPCA)？
　　 7 总结
　　 参考文献
　　可育但不可培养细菌
　　 1 引言
　　 2 霍乱弧菌和其他物种的可育但不可培养状态
　　 3 VBNC细胞的计数方法
　　 4 霍乱暴发模型
　　 参考文献
　　微生物不可培养性的普适性模型
　　 1 引言
　　 2 不可培养微生物的原位培养
　　 2.1 方法一：扩散室(Diffusion Chamber)
　　 2.2 方法二：分离芯片(Ichip)
　　 3 不可培养微生物的体外生长及其驯化
　　 3.1 获得不可培养物种的可培养变种
　　 3.2 微生物的共生生长和共培养
　　 4 不可培养机制：MSC33的个案研究
　　 5 微生物的种群中的异质性
　　 6 对大平板计数异常现象的解释
　　 6.1 模型
　　 6.2 模型对不可培养现象及更多现象的解释
　　 6.3 探索者模型的含义
　　 7 结论
　　 参考文献
　　未培养微生物的宏基因组和新抗生素发现
　　 1 次级代谢物与抗生素
　　 1.1 次级代谢物介绍
　　 1.2 新抗生素将来自于何处？
　　 1.3 微生物多样性和宏基因组学
　　 2 以土壤DNA用于药物发现的早期宏基因组实验
　　 2.1 hsp70、gyrA、纤维素酶及其他
　　 2.2 eDNA文库和异源表达
　　 2.3 信号、抗性、Turbomycins和Terragines
　　 3 从eDNA中克隆次级代谢生物合成途径的进展.
　　 3.1 次级代谢物途径集约模型
　　 3.2 “制约”宏基因组
　　 3.3 更好的载体
　　 3.4 更好的宿主
　　 3.5 文库的大小
　　 3.6 最新筛选
　　 4 结论
　　 参考文献
　　耐受性菌株、生物被膜和可培养性问题
　　 1 耐受性细胞的发现
　　 2 生物被膜与耐受性菌株的复苏
　　 参考文献
　　把概念推向极限：不可培养细菌与太空生物学
　　 1 微生物培养
　　 2 表型生长
　　 3 生命指征
　　 4 无生长发生时的生命检测
　　 5 生命的动力学指征
　　 6 地球以外样品中寻找生命
　　 7 不可培养的外星生命
　　 8 有关生命起源及生命的早期进化的建议：思考素材
　　 参考文献
　　译者后记