Tools for analysis of DNA and protein sequence data

　　前言
　　第1章 序列比对工具BLAST和ClustalX的使用
　　 1.1 序列比对BLAST
　　 1.1.1 网上运行BLAST
　　 1.1.2 本地运行BLAST(Windows系统)
　　 1.2 多序列比对(ClustalX)
　　 1.2.1 ClustalX的使用
　　 1.2.2 数据的输入
　　 1.2.3 数据的输出
　　 主要参考文献
　　第2章 真核生物基因结构的预测分析
　　 2.1 基因可读框的识别
　　 2.2 CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测分析
　　 2.2.1 CpG岛的预测分析
　　 2.2.2 转录终止信号的预测分析
　　 2.2.3 启动子区域的预测分析
　　 2.3 采用.mR_NA序列预测基因Spidey的使用
　　 2.4 ASTD数据库简介
　　 主要参考文献
　　第3章 电子克隆
　　 3.1 利用UniGene数据库进行电子延伸
　　 3.1.1 目标序列的blastn检索
　　 3.1.2 UniGene数据库检索
　　 3.1.3 下载UniGene Cluster中所有EsT序列
　　 3.2 从数据库中获取cDNA全长序列
　　 3.3 本地序列拼接
　　 3.3.1 CAP3序列拼接程序
　　 3.3.2 Velvet序列拼接程序
　　 3.4 基因的电子表达谱分析
　　 3.5 核酸序列的电子基因定位分析
　　 主要参考文献
　　第4章 分子进化遗传分析工具(MEGA 4)的使用
　　 4.1 序列数据的获取和比对
　　 4.1.1 数据库直接检索
　　 4.1.2 BLAST比对
　　 4.2 遗传距离的估计
　　 4.3 分子钟假说的检验
　　 4.4 多序列比对结果文件格式转换
　　 4.5 系统进化树构建
　　 4.5.1 进化树构建方法选择
　　 4.5.2 进化树的树形选择
　　 4.5.3 进化树的拓扑结构调整
　　 4.5.4 进化树树枝形态的优化
　　 4.5.5 进化树的保存
　　 主要参考文献
　　第5章 蛋白质结构与功能预测
　　 5.1 蛋白质一级结构分析
　　 5.1.1 蛋白质理化性质分析
　　 5.1.2 蛋白质亲疏水性分析
　　 5.1.3 跨膜区结构预测
　　
　　 5.1.4 卷曲螺旋预测
　　 5.2 蛋白质二级结构分析
　　 5.2.1 PredictProtein
　　 5.2.2 PSIPRED
　　 5.3 蛋白质结构域与功能分析
　　 5.3.1 Pfam(protein families database of alignment and HMM)
　　 5.3.2 PROSITE
　　 5.3.3 BLOCKS
　　 5.3.4 SMART
　　 5.4 蛋白质三维结构分析
　　 5.4.1 同源建模(homology modeling)
　　 5.4.2 线串法(threading)
　　 5.4.3 从头预测(ab initio prediction)
　　 5.4.4 蛋白质三维结构观察
　　 主要参考文献
　　第6章 Gene Ont0Iogy数据库和KEGG数据库简介
　　 6.1 Gene Ont010gy数据库
　　 6.1.1 简介
　　 6.1.2 用关键词检索GO数据库
　　 6.1.3 用序列检索GO数据库
　　 6.2 KEGG数据库
　　 6.2.1 简介
　　 6.2.2 根据代谢途径名称检索
　　 6.2.3 根据基因名称检索
　　 6.2.4 根据序列检索
　　 主要参考文献
　　第7章 蛋白质组学数据分析
　　 7.1 生物质谱技术介绍
　　 7.1.1 质谱技术的基本原理
　　 7.1.2 X！Tandem软件
　　 7.1.3 Mascot软件
　　 7.2 蛋白质组学数据统计分析软件
　　 7.2.1 TPP简介
　　 7.2.2 TPP的安装与配置
　　 7.2.3 样本数据准备
　　 7.2.4 将RAW文件转换成mzXML文件
　　 7.2.5 由hmfl文件生成pepXML文件
　　 7.2.6 运行PeptideProphet
　　 7.2.7 运行ProteinProphet
　　 7.2.8 数据的过滤筛选和将结果保存成Excel文件
　　 主要参考文献
　　第8章 基因……