生物信息学:基因和蛋白质分析的实用指南

目录
2 GenBank序列数据库
10.4 密码子偏好的检测
10.5 探查DNA中的功能性位点
10.6 复合的基因语法分析
10.7 搜寻tRNA基因
10.8 未来的展望
参考文献
11 利用蛋白质序列的预测方法
11.1 基于组成的蛋白质辨识
11.2 基于序列的物理性质
11.3 二级结构和折叠类型
2.1 简介
11.4 特殊结构或结构特征
11.5 三级结构
参考文献
12 鼠类和人类公用物理图谱数据库漫游
12.1 物理图谱的类型
12.2 大型公用数据库中的基因组范围图谱
12.3 个体来源的基因组范围图谱
12.4 特定人类染色体图谱
12.5 鼠类图谱来源
参考文献
2.2 一级和二级数据库
13 ACEDB：基因组信息数据库
13.1 ACEDB的一般特点
13.2 ACEDB中的序列分析
13.3 多种分析功能
14 提交DNA序列到数据库
14.1 简介
14.2 提交到哪儿？
14.3 提交什么内容？
14.4 如何提交到万维网
14.5 如何用Sequin提交
2.3 格式与内容：计算机与人
14.6 EST/STS/GSS
14.7 基因组中心
14.8 更新
14.9 结论性的评价
参考文献
附录1 词汇
附录2 样本序列文件格式
2.4 数据库
2.5 剖析GenBank Flatfile
2.6 小结
参考文献
附录 数据库文件格式
附录2.1 GenBank记录的例子
1 因特网与生物学家
附录2.2 ASN.1记录的例子
附录2.3 EMBL记录的例子
附录2.4 GenBank总结文件的例子
3 结构数据库
3.1 简介
3.2 PDB：Brookhaven国家实验室蛋白质数据库
3.3 MMDB：NCBI的分子建模数据库
3.4 结构文件格式
3.5 可视结构信息显示
3.6 数据库结构浏览器
1.1 因特网基础
3.7 不能查找出版的结构吗？
参考文献
专题论文
4 应用GCG进行序列分析
4.1 简介
4.2 Wisconsin Package
4.3 Wisconsin Package使用的数据库
4.4 SeqLab环境
4.5 用操作和Wisconsin Package程序分析序列
4.6 观察输出
1.2 与因特网连接
4.7 监视程序执行过程并解决问题
4.8 给序列加注释并在SeqLab Editor中图形化显示注释
4.9 在SeqLab Editor中保存序列
4.10 在SeqLab中可以实现的分析实例
4.11 引入非Wisconsin Package组件的程序扩展SeqLab
参考文献
附录
5 生物数据库的信息检索
5.1 检索数据库条目：检索服务器（Retrieve服务器）
5.2 集成信息检索：ENTREZ系统
1.3 电子邮件
5.3 集成的信息访问：查询服务器
5.4 NCBI之外的序列数据库
5.5 医学数据库
参考文献
6 NCBI数据模型
6.1 简介
6.2 出版物
6.3 SEQIDS：名称中包含了什么？
6.4 BIOSEQ：生物序列
6.5 BIOSEQSETS：序列集合
1.4 文件传输协议
6.6 Seq-annot：序列的注释属性
6.7 SEQ-DESCR：序列的描述
6.8 模型的使用
6.9 小结
参考文献
7 序列比对和数据库搜索
7.1 简介
7.2 序列比对的进化基础
7.3 蛋白质的模块性质
7.4 最佳比对方法
1.5 GOPHER
7.5 取代分和空位处罚
7.6 比对的统计学显著性
7.7 数据库中的相似性搜索
7.8 FASTA
7.9 BLAST
7.10 低复杂度区域
7.11 重复元件
7.12 小结
参考文献
8 多序列比对的实际应用
1.6 万维网
8.1 渐进比对方法
8.2 模体和模式
8.3 演示方法
参考文献
9 系统发育分析
9.1 系统发育模型的组成
9.2 系统发育数据分析：比对，建立取代模型，建立进化树以及进化树评估
9.3 建立数据模型（比对）
9.4 决定取代模型
9.5 建树方法
参考文献
9.6 进化树搜索
9.7 确定树根
9.8 评估进化树和数据
9.9 系统发育软件
9.10 一些简单的实际的考虑
参考文献
10 利用核酸序列的预测方法
10.1 框架
10.2 遮蔽重复DNA
10.3 数据库搜索