Genetic data analysis

1.引言
1.1 遗传数据的属性
1.2 遗传数据实例
1.2.1 表现型数据
1.2.2 共显性的表现型数据
1.2.3 等位基因酶数据
1.2.4 蛋白质序列数据
1.2.5 限制性片段数据
1.2.6 DNA序列数据
1.3 遗传抽样与统计抽样
1.4 符号和术语
1.5 孟德尔与费歇尔
1.6 小结
1.7 练习
2.频率估计
2.1 多项基因型计数
2.1.1 多项矩量
2.1.2 群体内基因频率的方差
2.1.3 指示变量
2.1.4 群体内基因频率的协方差
2.1.5 实例
2.1.6 基因频率的总方差
2.1.7 Fisher的方差近似公式
2.2 似然估计
2.2.1 最大似然估计量的选择性
2.2.2 求MLE的Bailey法
2.2.3 似然方程的迭代求解法
2.2.4 EM算法
2.2.5 实例
2.2.6 配子频率
2.3 矩量方法
2.4 小结
2.5 练习
3.不平衡
3.1 哈迪-温伯格不平衡
3.1.1 不平衡系数DA的估计
3.1.2 用DA测验哈迪-温伯格不平衡
3.1.3 HWE的正合测验
3.1.4 HWE的似然比测验
3.1.5 对数-线性模型(log-linear models)
3.1.6 复等位基因
3.1.7 HWE测验的功效
3.2 连锁不平衡
3.2.1 两个基因座的配子不平衡
3.2.2 配子不平衡的正合测验
3.2.3 复等位基因的配子不平衡
3.2.4 配子连锁不平衡的方差和协方差
3.2.5 三个或四个基因座的配子不平衡
3.2.6 正规化的配子不平衡(normalized gametic disequilibria)
3.2.7 两基因座基因型不平衡
3.2.8 复合的基因型不平衡
3.2.9 连锁不平衡的对数-线性测验
3.2.10 实例
3.3 多重测验
3.4 同质性测验
3.6 练习
3.5 小结
4.多样性
4.1 引言
4.2 杂合性
4.2.1 杂合性的群体内方差
4.2.2 杂合性的总方差
4.3 基因多样性
4.3.1 基因多样性群体内方差
4.3.2 基因多样性的总方差
4.3.3 估计多样性方差
4.3.4 实例
4.5 练习
4.4 小结
5.群体结构
5.1 引言
5.2 固定群体
5.2.1 基因频率
5.2.2 Jackknife法
5.2.3 Bootstrap法
5.2.4 方差分析
5.3 随机群体
5.3.1 单倍体数据
5.3.2 二倍体数据
5.4 群体亚分
5.4.1 三级谱系(Three-level hierarchy)
5.4.2 四级谱系(four-level hierarchy)
5.5 遗传距离
5.5.1 几何距离
5.5.2 共祖距离(coancestry distance)
5.5.3 内氏遗传距离(Nei s genetic distance)
5.5.4 距离估计值的方差
5.6 小结
5.7 练习
6.1.1 根据纯合母本进行估计
6.世代间分析
6.1 异交估计
6.1.2 根据平衡群体估计
6.1.3 根据任意母本的子代进行估计
6.1.4 多基因座估计值
6.1.5 估计父本数
6.2 父性推断
6.2.1 利用共显性基因座排除父亲身份
6.2.2 利用显性基因座排除父亲身份
6.2.3 父性指数
6.2.4 DNA指纹分析
6.2.5 最可能的父本植株
6.3 选择的估计
6.3.1 选择的拟合优度检验
6.3.2 一个世代内的估计
6.3.3 选择的分量
6.3.4 生存选择的最大似然估计
6.3.5 部分自交生物的选择
6.3.6 母-子数据的利用
6.4 连锁的估计
6.4.1 基因间距离
6.4.2 双回交法
6.4.3 F2群体法
6.4.4 直接法
6.4.5 已知连锁相的LOD值
6.4.6 未知连锁相的LOD值
6.5 小结
6.6 练习
7.分子数据
7.1 引言
7.2 限制性位点资料
7.2.1 估计片段长度
7.2.2 顺序排列片段
7.2.3 估计限制性位点的位置
7.2.4 核苷酸变异的推断
7.2.5 疾病关联
7.3 DNA序列资料
7.3.1 碱基组成
7.3.2 二核苷酸频率
7.3.3 Markov链分析
7.3.4 单一序列中的模式
7.3.5 Shuffling测验
7.4.1 点标图
7.4.2 序列间的完全区配
7.4 序列比较
7.4.3 Queen和Korn法则
7.4.4 Needleman-Wunsch法则
7.5 蛋白质序列资料
7.6 DNA序列间的距离
7.7 小结
7.8 练习
8.种系发生结构
8.1 引言
8.2 距离矩阵法
8.2.1 平均连接聚类法(Average Linkage Clustering)(UPGMA)
8.2.2 Fitch-Margoliash法则
8.3 约碱(Parsimony)法
8.4 似然法
8.4.1 DNA序列的似然模型
8.4.2 两个序列
8.4.3 三个序列
8.4.4 相对频率检验
8.4.5 多个序列
8.4.6 其它突变模型
8.4.7 对系统发生树Bootstrap抽样
8.6 练习
附录A 统计表
A.1 正态分布
A.2 卡方分布
A.3 非中心卡方分布
附录B 随机数
B.1 随机数的产生
B.2 Bootstrap抽样(bootstrapping)
B.3 随机DNA序列
B.3.1 有约束的随机DNA序列
附录C 电算程序
C.1 连锁不平衡
C.1.1 配子不平衡
C.1.2 假定HWE
C.1.3 复合不平衡系数
C.2.1 单倍体数据
C.2 F-统计量
C.2.2 二倍体数据
C.3 DNA序列处理
C.3.1 Shuffling法重排序列
C.3.2 Karlin算法查找顺接重复序列
名词索引
参考文献
8.5 小结