医学生物信息学

绪论
一、生物信息学的研究内容
二、生物信息分析的技术与方法研究
第一章 Internet基础与生物医学文献检索
第一节 Internet基础
一、IP地址与域名
二、Internet连接
三、Internet的基本功能
第二节 Internet网上生物医学文献检索
一、PubMed
二、Gateway
三、其他主要免费MEDLINE网站
第二章 Internet网上生物信息学资源
第一节 生物信息学重要网站
一、国家生物技术信息中心(NCBI)
二、欧洲分子生物学实验室(EMBL)与欧洲生物信息学研究所(EBI)
三、蛋白质分析专家系统(ExPASy)
四、结构生物信息学研究联合实验室(RCSB)
五、日本国立遗传学研究所
六、其他生物信息学网站
第二节 生物分子序列核心数据库
一、GenBank核酸序列数据库
二、SWISS-PROT/TrEMBL蛋白质序列数据库
三、PDB生物大分子结构数据库
第三章 序列对比和数据库搜索
第一节 概述
第二节 序列对比和数据库搜索
第三节 BLAST程序简介
一、BLAST搜索主界面
二、BLAST程序及其数据库名称和意义
三、BLAST搜索格式
第四节 同源性分析
一、待检核酸序列与整个核酸序列库中的序列进行类比
二、核酸序列的两两比较
三、蛋白质与蛋白质数据库或蛋白质两两比较
四、输出结果的解释
第五节 PSI-BLAST程序简介
第六节 多序列比较
第七节 低复杂度区域
第八节 重复元件
第四章 多序列比较的实际应用
第一节 渐进比较方法
一、CLUSTALW
二、MultAlin
第二节 模体和样式比较
一、ProfileScan
二、BLOCKS
第五章 利用核酸序列进行预测的方法
第一节 简介
一、神经网络系统
二、密码子偏好
第二节 遮蔽重复序列
一、CENSOR
二、REPEATMASKER WEB SERVER
第三节 DNA翻译
第四节 数据库搜索
第五节 探测DNA中的功能性位点
一、启动子
二、内含子剪接位点
三、终止信号
第六节 复合基因分析程序
一、Genebuilder
二、GENSCAN
三、AAS
第七节 搜寻tRNA基因
第六章 利用蛋白质序列进行预测的方法
第一节 概述
第二节 蛋白质辨识
一、AAComp Ident
二、AACompSim
三、PROPSEARCH
四、PepMAPPER
第三节 序列的物理性质计算
一、ComputepI/MW(ExPASy)
二、PePtideMass(ExPASy)
三、SAPS
第四节 二级结构和折叠类型
一、NNPREDICT
二、PredictProtein
三、SOPMA
四、各种方法的比较
第五节 特殊结构或特征结构
一、跨膜区域预测
二、信号肽
三、卷曲螺旋
第六节 三级结构的预测
第七章 系统发育分析与分子进化
第一节 分子进化钟与中性理论
第二节 进化树
一、序列进化树
二、结构进化树
第三节 相关软件介绍
第八章 医学生物信息学应用导航
第一节 在网上获得更多的序列信息
一、在数据库中查询序列信息
二、序列的同源性搜索
三、蛋白家族相关性探索
四、让Internet为你工作
五、从序列到结构
第二节 实用生物信息学软件介绍
一、实验准备阶段
二、实验实施阶段
第九章 基因组序列信息分析
第一节 物理图谱的类型
第二节 大型公用数据库中的基因组图谱
一、NCBI Entrez的染色体图谱
二、GDB的浏览染色体图谱
三、个体来源的基因组图谱
四、基因组的基因图谱
五、人类基因组的转录物图
六、特定人类染色体图谱
第三节 鼠类图谱来源
第四节 基因组序列分析工具
一、Wisconsin软件包(GCG)
二、ACEDB
三、其他工具
第五节 人类和鼠类公共物理图谱数据库的使用
一、全基因组比较
二、SNP的发现
第六节 功能基因组相关信息分析
一、大规模基因表达谱分析
二、基因组水平蛋白质功能综合预测
第十章 提交基因序列到数据库
第一节 提交到哪里
第二节 提交什么内容
一、DNA/RNA
二、序列的性质
三、序列是合成的
四、序列有多精确
五、生物体
六、引用
七、编码序列
八、其他特征
九、种群、系统发生、变异的研究
十、仅提交蛋白质序列
第三节 如何提交到互联网
第四节 如何用Sequin提交
一、进入一个新的提交过程
二、有效性
三、观察序列记录
四、先进的注解和编辑功能
五、Sequin作为分析平台
六、数据模型的重要性
七、提交单个的序列
八、提交一个比对的序列集
九、通过特征传播进行注解
十、具有网络连接的Sequin
十一、EST/STS/GSS
第五节 基因组中心
第六节 更新
第七节 结论性的评价
第十一章 生物信息学与基因芯片
第一节 概述
一、基因芯片简介
二、基因芯片对于生物分子信息检测的作用和意义
三、基因芯片研究和应用中所涉及到的生物信息学问题
第二节 基因芯片设计
一、基因芯片设计的一般性原则
二、DNA变异检测型芯片与基因表达型芯片的设计
三、cDNA芯片与寡核苷酸芯片的设计
四、寡核苷酸探针的优化设计
第三节 基因芯片的序列分析
一、测定未知序列
二、直接检测目标序列
三、DNA序列突变检测分析
四、SNP分析
第四节 基因芯片的基因功能分析
一、基因表达分析
二、高密度基因表达芯片
三、基因表达图谱
四、寻找基因功能
第五节 基因芯片检测结果的分析
一、荧光检测图像处理
二、检测结果分析
三、检测结果可靠性分析
第六节 基因芯片信息的管理和利用
一、芯片信息管理
二、数据集成和交叉索引
三、基于基因芯片的数据发掘及可视化
四、基因芯片数据的可视化
附录A 各种序列分析应用网上资源
附录B 分子生物学软件