R语言在海洋渔业中的应用

第1章  R语言基础1.1  R语言简介1.1.1  R语言的开发历史1.1.2  R语言的特色与功能1.2  R语言的安装1.2.1  R软件的安装1.2.2  R软件包的安装1.3  R软件包的使用与引用1.3.1  软件包的载入、卸载与删除1.3.2  R或相关软件包的引用1.4  R使用简介1.4.1  R的界面设置1.4.2  R会话1.4.3  当前工作目录1.4.4  R命令1.4.5  命名字符集1.4.6  命令行的重复输入1.4.7  R命令行的注释1.4.8  保存先前命令产生的结果及变量的保存1.4.9  获取帮助1.4.10  R中对象的查找1.4.11  获取和设定环境变量1.5  R代码的编辑1.6  R运行环境的定制1.6.1  通过文件定制R环境1.6.2  通过定义.First()函数与.Last()函数定制R环境1.6.3  通过自定义普通函数执行初始化第2章  R的数据2.1  R的数据类型2.1.1  数值型(numeric)2.1.2  字符型(character)2.1.3  复数型(complex)2.1.4  逻辑型(logical)2.2  R中的数据组织方式2.2.1  向量2.2.2  纯量2.2.3  数组2.2.4  数据框2.2.5  列表2.2.6  时间系列数据2.2.7  因子2.3  数据类型的判断与强制转换2.3.1  数据类型的判断2.3.2  数据类型的强制转换2.4  数据的运算2.4.1  数学运算2.4.2  比较运算与逻辑运算2.4.3  数据的操作函数2.5  R中的对象2.6  数据的输入与输出2.6.1  数据的输入2.6.2  其他格式文件的输入2.6.3  数据的输出2.6.4  R中的数据集2.6.5  其他统计软件数据的读取2.7  数据的编辑2.7.1  数据编辑方法2.7.2  数据的融合第3章  R的图形绘制3.1  图形设备3.1.1  显示器图形设备3.1.2  文件设备3.1.3  打印机设备3.2  绘图区域与坐标系统3.2.1  设备区域3.2.2  图形区域设置3.2.3  坐标系统3.3  高级绘图函数3.3.1  简单的图形绘制3.3.2  颜色绘制3.3.3  文本字符3.3.4  坐标轴3.3.5  线3.3.6  符号3.4  其他高级绘图函数3.4.1  直方图3.4.2  柱状图3.4.3  箱线图3.4.4  饼图3.4.5  QQ绘制3.4.6  条件绘制3.4.7  散点阵列图3.4.8  地图绘制3.4.9  位图数据的显示3.5  低级绘图函数3.5.1  添加图元3.5.2  图形工具函数3.5.3  图形边缘标注与图例绘制3.5.4  轴绘制3.6  图形叠加绘制3.7  交互式图形函数第4章  概率分布4.1  单变量连续分布4.1.1  单变量正态分布4.1.2  对数正态分布4.1.3  Gaamma类分布函数4.1.4  Beta类分布4.2  单变量离散分布4.2.1  二项分布4.2.2  泊松分布4.2.3  负二项分布4.3  经验分布及随机采样4.3.1  经验分布4.3.2  基于样本的随机数4.3.3  一个随机测试的例子第5章  程序控制结构与函数5.1  表达式5.1.1  简单表达式5.1.2  复合表达式5.2  R的控制结构5.2.1  分支结构5.2.2  循环结构5.3  函数5.3.1  函数的定义5.3.2  函数的参数5.3.3  作用域5.3.4  返回函数的函数5.3.5  函数的编辑5.3.6  程序调试第6章  渔业模型及参数估计6.1  渔业模型6.1.1  模型的概念6.1.2  渔业模型及假设6.1.3  参数估计与模型选择的不确定性6.2  模型参数的估计方法6.2.1  最小二乘法估计6.2.2  最大似然估计6.2.3  贝叶斯参数估计第7章  计算机模拟计算方法7.1  随机检验7.2  Jackknife方法7.3  Bootstrap方法7.3.1  一般Bootstrap方法7.3.2  平衡Bootstrap方法7.4  蒙特卡洛模拟第8章  鱼类的生长8.1  鱼类生长的数学模型8.1.1  体长与体重关系模型8.1.2  年龄与体长、体重的关系8.2  参数估计8.2.1  年龄与体长数据下的参数估计8.2.2  对于标志放流类数据8.2.3  其他生长方程的拟合8.3  生长方程模型的选择与比较8.3.1  生长方程模型的选择8.3.2  生长方程模型的比较第9章  亲体与补充量关系模型9.1  繁殖模型9.1.1  B-H模型9.1.2  Ricker模型9.1.3  Deriso-Schnute模型9.1.4  环境因素在繁殖模型中的作用9.1.5  繁殖模型的误差结构9.2  参数估计9.2.1  产卵生物量没有测量误差时的参数估计9.2.2  产卵生物量存在测量误差时的参数估计9.2.3  存在自相关性9.2.4  基于贝叶斯的参数估计第10章  世代动态模型10.1  鱼类的死亡与世代数量的变化10.2  单位补充量渔获尾数与产量10.3  单位补充量产量模型的应用10.3.1  计算不同F及开捕年龄下的单位补充量产量10.3.2  等渔获量曲线图10.3.3  F0.1与Fmax第11章  单位捕捞努力量渔获量11.1  基本概念11.1.1  捕捞努力量11.1.2  单位捕捞努力量渔获量(CPUE)11.1.3  CPUE与资源量的关系11.1.4  CPUE与子区域CPUE的关系11.1.5  CPUE的标准化11.2  CPUE标准化模型与模型选择11.2.1  CPUE标准化模型11.2.2  模型的选择11.3  CPUE标准化中需注意的问题与展望11.3.1  捕捞量为零数据的处理11.3.2  交互效应的处理11.3.3  捕捞努力量的空间分布对CPUE标准化的影响11.3.4  数据尺度对CPUE标准化的影响11.3.5  多鱼种渔业的cPuE标准化11.3.6  未来展望11.4  CPUE标准化的例子11.4.1  GLM模型对CPUE的标准化11.4.2  贝叶斯方法对CPUE的标准化11.4.3  GAM对CPUE进行标准化11.4.4  一般线性混合模型对CPUE的标准化11.4.5  广义估计方程对CPUE的标准化第12章  生物量动态模型12.1  渔业资源评估模型的基本结构12.2  生物量动态模型的种群动态12.2.1  种群生物量动态模型12.2.2  Schaefer生物量动态模型12.3  生物量动态模型的参数估计12.3.1  回归方法12.3.2  时间系列方法12.3.3  Bootstrap方法估计参数的置信区间12.3.4  贝叶斯方法12.4  投影与风险分析12.5  r的先验设置参考文献